Hoewel de TM-4199SA veel voordelen heeft, zijn er ook duidelijke nadelen en praktische beperkingen. Het belangrijkste nadeel is het reguliere onderhoud: het waterreservoir moet na elke sterk vervuilde beurt worden ververst en oftewel leeggemaakt en gereinigd. Dat betekent meer werk dan bij een traditionele stofzuiger met zak, en wie dit nalatig doet, kan last krijgen van onaangename geuren of bacteriegroei. De afwasbare HEPA-filters vereisen ook regelmatige reiniging en goed drogen; onjuiste behandeling kan schimmel of verminderde filterprestaties veroorzaken.
Verder is het geluidsniveau van ongeveer 72 dB niet verwaarloosbaar; bij langdurig gebruik in woonruimten kan dit storend zijn, zeker in kleinere woningen of appartementen. De specificaties geven geen informatie over gewicht, mobiliteit of snoerlengte, waardoor het lastig is om de ergonomie en het gebruiksgemak voor trappen en grotere oppervlakken te beoordelen. Daarnaast ontbreekt vaak duidelijke informatie over welke hulpstukken standaard meeleveren: wie veel met meubels, kieren en tapijten werkt, wil weten of er speciale borstels of turbostukken bijgeleverd zijn.
Tenslotte werkt een waterfilter uitstekend voor veel soorten vuil en allergenen, maar voor zeer fijne, droge poeders (zoals cementstof bij zware bouwklussen) kan de afvoer en filtering uitdagender zijn — het waterreservoir raakt sneller vol en het schoonmaakwerk neemt toe. Voor zwaar industrieel gebruik is deze variant dus minder geschikt zonder aanvullende filters en voorzieningen.